المجلس الأعلى للجامعات (بالإنجليزية: Supreme Council of Universities - SCU) هو مجلس حكومي مصري. ويتبعه الجامعات المصرية الحكومية التي تشرف عليها وزارة التعليم العالي.
صدر المرسوم الملكى بالقانون رقم (496) لسنة 1950 الذي ينص على إنشاء مجلس أعلى للجامعات المصرية برئاسة وزير المعارف العمومية بهدف التنسيق بين الجامعات فيما يختص بالدراسة والامتحان والدرجات الجامعية وإنشاء كراسى الأستاذية ومعادلة الشهادات الأجنبية والترقيات والأكاديمية وغير ذلك من الأمور.
ثم صدر القرار الجمهورى بقانون رقم (508) لسنة 1954 بإنشاء المجلس الأعلى للجامعات يشكل من أعضاء كلهم جامعيون (مديرو الجامعات ووكلاؤها وعضو عن كل جامعة يختاره مجلسها وثلاثة من ذوى الخبرة في شئون التعليم الجامعى).
عقد المجلس الأعلى للجامعات الجلسة رقم (1) بتاريخ 2 أكتوبر 1954 وقد ضم كل من جامعات القاهرة، الإسكندرية، عين شمس، ورأس الاجتماع الأستاذ الدكتور محمد كامل مرسى مدير جامعة القاهرة.
أعيد تنظيم المجلس الأعلى للجامعات بعدة قوانين متتالية هي القانون رقم 345 لسنة 1956، والذي أتبعه القرار الجمهورى رقم 184 لسنة 1958 والقوانين المنظمة المتتالية.
ولدعم استقلالية الجامعات المصرية ومناقشة كافة شئونها صدر القانون رقم 49 لسنة 1972 لتنظيم الجامعات وقد نص في مادته رقم (12) على أن يكون للجامعات مجلس أعلى يسمى المجلس الأعلى للجامعات مقره القاهرة يتولى تخطيط السياسة العامة للتنظيم الجامعى والبحث العلمى والتنسيق بين الجامعات في أوجه أنشطتها المختلفة والجامعات المصرية التي يسر عليها هذا القانون.[19]